大規(guī)模生物網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建與分析

第1章 生物網(wǎng)絡(luò)的信息學(xué)分析方法
1．1 靜態(tài)網(wǎng)絡(luò)屬性分析
1．1．1 單個(gè)節(jié)點(diǎn)的屬性
1．1．2 子網(wǎng)絡(luò)
1．1．3 總體屬性
1．2 單個(gè)節(jié)點(diǎn)的動(dòng)態(tài)屬性分析
1．3 條件特異子網(wǎng)的構(gòu)建與分析
1．3．1 動(dòng)態(tài)蛋白質(zhì)復(fù)合物的發(fā)現(xiàn)
1．3．2 組織特異子網(wǎng)的構(gòu)建與分析
1．3．3 內(nèi)容相關(guān)子網(wǎng)的識別
1．4 網(wǎng)絡(luò)動(dòng)態(tài)的分析與模擬
1．4．1 物理相互作用網(wǎng)絡(luò)的動(dòng)態(tài)研究
1．4．2 遺傳相互作用網(wǎng)絡(luò)的動(dòng)態(tài)研究
1．4．3 網(wǎng)絡(luò)動(dòng)態(tài)的建模與仿真
1．5 生物網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建與分析的未來預(yù)期
參考文獻(xiàn)
第2章 生物網(wǎng)絡(luò)中單個(gè)蛋白質(zhì)重要性的度量
2．1 數(shù)據(jù)集
2．1．1 小鼠的海馬神經(jīng)元中的信號轉(zhuǎn)導(dǎo)網(wǎng)絡(luò)
2．1．2 小鼠基因敲除表型
2．1．3 小鼠進(jìn)化速率
2．2 用于度量蛋白質(zhì)重要性的新指標(biāo)sigFlux
2．2．1 SigFlux定義
2．2．2 SigFlux計(jì)算
2．3 SigFlux與蛋白質(zhì)的必要性顯著相關(guān)
2．4 SigFlux可以指示蛋白質(zhì)的進(jìn)化速率
2．5 SigFlux與連接度的比較
2．5．1 SigFlux和連接度分別表征蛋白質(zhì)的整體屬性和局部屬性
2．5．2 蛋白質(zhì)的SigFlux和連接度分布
參考文獻(xiàn)
第3章 蛋白質(zhì)相互作用中的信號流走向預(yù)測
3．1 基于結(jié)構(gòu)域的預(yù)測方法
3．1．1 數(shù)據(jù)集
3．1．2 基于結(jié)構(gòu)域預(yù)測蛋白質(zhì)相互作用中信號流走向的方法
3．1．3 方法評估
3．2 基于蛋白質(zhì)功能注釋的預(yù)測方法
3．2．1 蛋白質(zhì)功能注釋
3．2．2 根據(jù)功能注釋預(yù)測蛋白質(zhì)相互作用中信號流走向的方法
3．2．3 方法評估
3．3 基于蛋白質(zhì)序列的預(yù)測方法
3．3．1 蛋白質(zhì)序列的數(shù)學(xué)表示方法
3．3．2 支持向量機(jī)方法介紹
3．3．3 根據(jù)蛋白質(zhì)序列預(yù)測蛋白質(zhì)相互作用中信號流走向的方法
3．3．4 方法評估
3．4 基于貝葉斯方法的整合方法
3．4．1 貝葉斯整合方法的建立
3．4．2 貝葉斯方法評估
3．4．3 預(yù)測蛋白質(zhì)相互作用中信號流走向的網(wǎng)頁工具
3．4．4 基于結(jié)構(gòu)域、功能注釋和蛋白質(zhì)序列的方法與貝葉斯方法比較
3．5 在整合的人蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)中推斷潛在信號通路并進(jìn)行屬性分析
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