生物信息學實踐

第一章生物信息學分析基礎(chǔ)工具與平臺配置
第一節(jié)文本編輯器
一、常用的文本編輯器
二、UltraEdit
三、Vi編輯器
第二節(jié)Linux系統(tǒng)基礎(chǔ)
一、軟件安裝
二、PATH路徑設置
三、必備Linux命令
四、Linux系統(tǒng)的輸出重定向與管道
五、中文版Linux改為英文版
六、開啟FTP服務
第三節(jié)生物信息學實驗室局域網(wǎng)
一、生物信息學局域網(wǎng)實例
二、遠程登錄
第四節(jié)Windows系統(tǒng)下構(gòu)建本地BLAST
一、BLAST的下載安裝
二、Blast的使用
三、實例講解
參考文獻
第二章生物信息數(shù)據(jù)庫的使用與構(gòu)建
第一節(jié)NCBI數(shù)據(jù)庫資源
NCBI數(shù)據(jù)庫檢索
第二節(jié)數(shù)據(jù)存儲格式
一、FASTA格式
二、FASTQ格式
三、Genebank格式
四、EMBL格式
五、采用XML實現(xiàn)生物數(shù)據(jù)庫的整合
第三節(jié)著名的生物信息學數(shù)據(jù)庫
第四節(jié)生物信息學數(shù)據(jù)庫的構(gòu)建方法
一、Apache的安裝與啟動
二、MySQL的安裝與配置
三、PHP的安裝與配置
四、不能安裝的情況
五、利用Windows Server搭建數(shù)據(jù)庫服務器
參考文獻
第三章基于蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的計算機輔助藥物設計
第一節(jié)蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)
一、α螺旋
二、β片層
三、β轉(zhuǎn)角
四、蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)預測
第二節(jié)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫及其檢索
一、PDB數(shù)據(jù)庫檢索
二、蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)的存儲格式
三、蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)可視化
第三節(jié)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的預測
一、國際蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預測技術(shù)評估大賽(CASP)
二、利用SWISSMODEL預測蛋白質(zhì)的三級結(jié)構(gòu)
第四節(jié)分子對接工具Autodock
一、Autodock程序的安裝
二、小分子的來源和處理
三、大分子的處理
四、兩個參數(shù)文件（gpf和dpf）的設置
五、結(jié)果的處理
第五節(jié)分子模擬原理與工具
一、分子模擬的主要方法
二、分子模擬常見工具
第六節(jié)分子動力學模擬工具Amber
一、生成小分子模板
二、處理蛋白質(zhì)文件
三、生成拓撲文件和坐標文件
四、能量優(yōu)化
五、LEAP使用
六、MD過程
七、VMD的使用
八、觀看并保存圖像的步驟
九、RMS計算
十、結(jié)果數(shù)據(jù)處理
參考文獻
第四章轉(zhuǎn)座子的生物信息學分析
第一節(jié)轉(zhuǎn)座子的分類
一、分類級別
二、自主與非自主轉(zhuǎn)座子
三、轉(zhuǎn)座子的命名
四、轉(zhuǎn)座子的生物信息學分析
五、重復序列挖掘工具
第二節(jié)RepeatMasker和RepeatModeler
一、RepeatMasker的安裝
二、RepeatModeler的安裝
三、RepeatMasker的操作
四、RepeatMasker搜索的過程
五、兩個Perl程序
六、聯(lián)合多個重復序列數(shù)據(jù)庫
七、RepeatMasker的其他參數(shù)
八、Out結(jié)果文件
九、RepeatModeler的使用
第三節(jié)LTRharvest
第四節(jié)序列去冗余
第五節(jié)Circos繪圖
一、Circos的安裝
二、Circos的顏色
三、圖像分析
四、核型文件
五、ideogram標簽
六、連接
七、圖像輸出
八、直方圖
九、Highlights圖
十、容易出現(xiàn)的問題
參考文獻
第五章生物信息學資源
第一節(jié)網(wǎng)絡資源
一、在線工具鏈接Expasy
二、常用生物軟件分類與下載
三、生物信息學中文論壇
第二節(jié)期刊與機構(gòu)
一、生物信息學期刊
二、生物信息學機構(gòu)
第三節(jié)在線小工具
一、開放閱讀框查找工具ORF Finder
二、繪制GO注釋結(jié)果
三、蛋白質(zhì)組成和穩(wěn)定性分析ProtParam
四、啟動子區(qū)預測工具Promoter
五、序列l(wèi)ogo
六、蛋白質(zhì)序列綜合分析工具PredictProte
七、信號肽
八、比較分析圖繪制工具VENNY
第四節(jié)生物信息學分析軟件
一、EMBOSS
二、EMBOSS運行示例
三、綜合序列分析軟件DNAstar
四、分子生物學常用工具簡介
參考文獻
第六章分子進化
第一節(jié)分子進化基礎(chǔ)
一、構(gòu)建進化樹的算法
二、進化樹格式
三、進化樹的圖形顯示
四、進化軟件
第二節(jié)通過phylip構(gòu)建進化樹
一、準備
二、通過Clustal將Fasta格式的序列進行比對并保存為phy格式
三、使用seqboot設置重復數(shù)量
四、通過似然法計算進化樹
五、構(gòu)建一致樹
六、圖片制作
參考文獻
第七章生物信息學編程基礎(chǔ)
第一節(jié)Perl語言
一、CPAN
二、正則表達式
三、Bioperl的安裝
第二節(jié)統(tǒng)計語言
一、R語言
二、其他統(tǒng)計分析工具
參考文獻
附錄一生物信息學常用詞匯表一
附錄二生物信息學常用詞匯表二