《地下水流數值模擬理論方法及模型設計》僅保留地下水流定解問題概述（1章），地下水流有限差分法（第2章），迦遼金有限元法（第3章），反求水文地質參數的數值方法（第6章）等4章，并全面提升為三維流問題。在此基礎上，重點增加第4章邊界條件和源匯等特殊問題的模擬與處理（包括混合抽水井、自流井、水平井和混合觀測孔、非完整河一地下水的補給一排泄、降雨入滲補給滯后性、海邊界、巖溶管道一裂隙一孔隙三重介質含水系統、地下水開采一地面沉降模擬等17項）和第7章數值模型設計、應用及水文地質勘查（包括數值模型中含水系統模擬層的劃分、格／結點布設、模型識別的兩個原則、形成初始條件問題的so法和P—H0法、模型反演過程中的幾個問題及“擬合總是不佳”原因的分析；地下水流系統建模的模型維數問題、模型垂向范圍的劃定、模型邊界的劃定；預測模型若干問題及關于基巖含水系統建模特殊問題等。本章從正反經驗實例中提取40多個專題信息進行分析和討論），以及地下水流模型的拓展（地下水飽和一非飽和流耦合模型、地表水一地下水耦合模型以及分布式水文模型簡介）和第8章數值模擬技術報告實例：陜西渭北東部巖溶水開采動態(tài)數值模擬研究（體現“模型識別過程是對水文地質條件的再認識”原則）等。《地下水流數值模擬理論方法及模型設計》為高等學校水文與水資源工程、地下水科學與工程、地質工程、水文地質工程等相關專業(yè)本科和研究生的教材或參考書，也可供從事定量地下水科學研究和工程勘查人員參考。
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