蛋白質結構與功能入門

譯者序
前言
本書使用說明
從序列到結果
第一章 從序列到結構
1-0 概述：蛋白質的功能和構造
1-1 氨基酸
1-2 基因和蛋白質
1-3 肽鍵
1-4 穩(wěn)定折疊蛋白質的鍵
1-5 二級結構的重要性和決定因素
1-6 α螺旋的特征
1-7 β折疊的特征
1-8 二級結構的預測
1-9 折疊
1-10 三級結構
1-11 膜蛋白的結構
1-12 蛋白質穩(wěn)定性：弱相互作用和柔韌性
1-13 蛋白質穩(wěn)定性：翻譯后修飾
1-14 蛋白質的域
1-15 蛋白質結構通則
1-16 蛋白質基序
1-17 α域和8域
1-18 α/β、α＋β和交聯(lián)域
1-19 四級結構：一般原則
1-20 四級結構：分子間界面
1-2l 四級結構：幾何學
1-22 蛋白質的柔韌性
第二章 從結構到功能
2-0 概述：蛋白質功能的結構基礎
2-1 識別、互補和活性位點
2-2 柔韌性和蛋白質功能
2-3 結合位點的位置
2-4 結合位點的性質
2-5 結構蛋白的功能特性
2-6 催化：概述
2-7 活性位點的幾何學
2-8 鄰近性和基態(tài)去穩(wěn)定
2-9 穩(wěn)定過渡態(tài)和排斥水
2-10 氧還反應
2-11 加成/消除、水解和脫羧
2-12 活性位點的化學
2-13 輔助因子
2-14 多步反應
2-15 多功能酶
2-16 具有通道的多功能酶
第三章 蛋白質功能的調控
3-0 概述：調節(jié)的機制
3-1 蛋白質相互作用域
3-2 定位調節(jié)
3-3 pH和氧化還原環(huán)境對蛋白質功能的調控
3-4 效應物配體：競爭性結合與協(xié)同效應
3-5 效應物配體：構象變化與別構效應
3-6 基于核苷酸水解反應的蛋白質開關
3-7 GTP酶開關：小信號G蛋白
3-8 GTP酶開關：異源三聚體G蛋白酶轉導的信號
3-9 GTP酶開關：蛋白質合成
3-10 馬達蛋白開關
3-11 受降解作用的調節(jié)
3-12 蛋白質功能的磷酸化調節(jié)
3-13 信號蛋白質激酶的調節(jié)：激活機制
3-14 信號蛋白質激酶的調節(jié)：Cdk的激活
3-15 細菌的雙組分信號轉導系統(tǒng)
3-16 蛋白酶水解的調控作用：蛋白質前體的激活
3-17 蛋白質剪接：通過內(nèi)蛋白子自身酶解
3-18 糖基化
3-19 脂質修飾介導的蛋白質靶向
3-20 甲基化、N-乙酰化、SUMO化和亞硝基化
第四章 從順序到功能：結構和功能基因組學中的案例分析
4-0 概述：在基因組學的時代背景下從順序到功能
4-1 序列對位排列和比較
4-2 蛋白質特征集
4-3 從順序推測功能
4-4 研究蛋白質功能的實驗手段
4-5 趨異進化和趨同進化
4-6 從順序到結構：同源模建
4-7 從順序到結構：Profile-based threading方法和“Rosetta”
4-8 從結構預測功能：蛋白質超家族
4-9 確定結合位點的策略
4-10 確定催化殘基的策略
4-11 TIM桶：一種結構，多種功能
4-12 PLP酶：多種功能，一種結構
4-13 兼職：多功能蛋白質
4-14 變色龍序列：一條序列，多種折疊方式
4-15 朊病毒、淀粉狀蛋白和絲氨酸蛋白酶抑制劑：亞穩(wěn)定的蛋白質折疊
4-16 從未研究過的基因的功能：半乳糖酸脫水酶
4-17 從零開始：一個功能未知的基因產(chǎn)物
第五章 結構測定
5-1 結構信息的解讀
5-2 利用X射線晶體分析法和NMR法進行結構測定
5-3 晶體和NMR結構的質量及表述
參考文獻
定義
索引