基因組學

第1章 基因組
1．1 遺傳的分子基礎(chǔ)
1．1．1 DNA的化學與生物學
1．1．2 RNA的化學與生物學
1．1．3蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)與生物學
1．2 基因組序列復雜性
1．2．1 C值與C值悖理
1．2．2序列復雜性
1．2．3基因組的序列組成
1．3 基因與基因家族
1．3．1編碼RNA基因
1．3．2編碼蛋白質(zhì)基因
1．3．3基因家族
1．3．4異常結(jié)構(gòu)基因
1．3．5假基因
1．4 染色體
1．4．1真核生物染色體
1．4．2原核生物染色體
1．5 基因組
1．5．1人類基因組
1．5．2其他生物基因組
復習思考題
參考文獻

第2章 遺傳圖繪制
2．1 遺傳圖與物理圖
2．2 遺傳作圖標記
2．2．1基因標記
2．2．2 DNA標記
2．3 遺傳作圖的方法
2．3．1孟德爾遺傳學簡介
2．3．2連鎖分析
2．3．3不同模式生物的連鎖分析
2．4 遺傳圖繪制
2．4．1人類遺傳圖
2．4．2水稻遺傳圖
復習思考題
參考文獻

第3章 物理圖繪制
3．1 限制性作圖
3．1．1限制性作圖的基本方法
3．1．2限制性作圖的局限
3．2 基于克隆的基因組作圖
3．2．1大分子DNA的克隆載體
3．2．2重疊群組建
3．2．3指紋作圖
3．3 染色體細胞圖
3．3．1同位素或熒光標記探針的原位雜交
3．3．2原位雜交
3．4 輻射雜種作圖
3．4．1序列標簽位點
3．4．2輻射雜種作圖的程序與方法
3．5 基因組整合圖
3．5．1人類基因組整合圖
3．5．2水稻基因組整合圖
復習思考題
參考文獻

第4章 基因組測序與序列組裝
4．1 DNA測序的方法
4．1．1鏈終止法
4．1．2化學降解法
4．1．3自動化測序
4．1．4非常規(guī)測序
4．2 基因組測序
4．2．1基因組測序的策略
4．2．2基因組測序的覆蓋面
4．2．3序列間隙與物理間隙
4．2．4插入片段的兩端測序
4．3 序列組裝
4．3．1作圖法測序與序列組裝
4．3．2鳥槍法測序與序列組裝
4．3．3不同測序路線與序列組裝策略的比較
4．4 基因組測序的其他路線
4．4．1重要區(qū)域的優(yōu)先測序
4．4．2 EST測序
4．4．3序列瀏覽
4．5 人類基因組測序與組裝
4．5．1人類基因組的測序策略
4．5．2人類基因組測序的倫理學問題
4．5．3人類基因組測序計劃相關(guān)的
重大事件
復習思考題
參考文獻

第5章 基因組序列注釋
5．1 搜尋基因
5．1．1根據(jù)基因結(jié)構(gòu)特征搜尋基因
5．1．2同源基因查詢
5．1．3實驗確認基因
5．1．4基因的命名與分類
5．2 基因功能預測
5．2．1計算機預測基因功能
5．2．2蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域在功能預測中的意義
5．2．3根據(jù)協(xié)同進化注釋基因功能
5．3 基因功能檢測
5．3．1基因失活是基因功能分析的主要手段
5．3．2基因的過表達用于功能檢測
5．4 高通量基因功能的研究方法
5．4．1突變體庫構(gòu)建
5．4．2 RNA干擾與基因功能檢測
5．4．3蛋白質(zhì)互作
5．5 功能基因組學
5．5．1組學簡介
5．5．2轉(zhuǎn)錄物組
5．5．3蛋白質(zhì)組
復習思考題
參考文獻

第6章 基因組解剖
6．1 原核生物基因組解剖
6．1．1原核生物基因組的物理結(jié)構(gòu)
6．1．2原核生物基因組的遺傳組成
6．2 真核生物基因組解剖
6．2．1真核生物核基因組
6．2．2真核生物細胞器基因組
6．3 轉(zhuǎn)座因子與分散重復序列
6．3．1 DNA轉(zhuǎn)座子
6．3．2逆轉(zhuǎn)錄因子與分散重復序列家族
6．3．3真核生物分散重復序列的比較
6．4 串聯(lián)重復序列及其分布
6．5 人類基因組的結(jié)構(gòu)與組成
6．5．1人類基因組編碼基因
6．5．2人類基因組非編碼基因
6．6 擬南芥基因組編碼基因
6．6．1蛋白質(zhì)編碼基因
6．6．2 RNA編碼基因
復習思考題
參考文獻

第7章 基因的轉(zhuǎn)錄調(diào)控
7．1 原核生物基因的轉(zhuǎn)錄
7．1．1轉(zhuǎn)錄起始調(diào)控
7．1．2轉(zhuǎn)錄延伸與終止調(diào)控
7．2 真核生物基因的轉(zhuǎn)錄
7．2．1RNA聚合酶與轉(zhuǎn)錄因子
7．2．2真核生物Pol I基因的轉(zhuǎn)錄起始與終止
7．2．3真核生物：Pol II基因的轉(zhuǎn)錄起始與終止
7．2．4真核生物Pol III基因的轉(zhuǎn)錄起始與終止
7．2．5細胞器基因的轉(zhuǎn)錄
7．3 古細菌基因的表達調(diào)控
7．4 基因的轉(zhuǎn)錄調(diào)控
7．4．1轉(zhuǎn)錄調(diào)控的順式元件
7．4．2轉(zhuǎn)錄調(diào)控的反式因子
7．4．3轉(zhuǎn)錄因子與調(diào)控序列的互作
7．4．4轉(zhuǎn)錄因子家族
復習思考題
參考文獻

第8章 RNA的修飾與加工
8．1 細胞中的RNA組分
8．1．1編碼RNA
8．1．2非編碼RNA
8．1．3前體RNA
8．2 mRNA的修飾與加工
8．2．1 mRNA的5’加帽
8．2．2 mRNA的3’端多聚腺苷酸化
8．2．3前體mRNA的剪接加工
8．3 非編碼RNA的加工與修飾
8．3．1 rRNA前體和tRNA前體的剪切加工
8．3．2 rRNA和tRNA的化學修飾與加工
8．3．3 mRNA的編輯
8．3．4干擾RNA與轉(zhuǎn)錄后調(diào)控
8．4 細胞中mRNA的定位與降解
8．4．1細胞[}mRNA的分布與定位
8．4．2 mRNA的定位機制
8．4．3 mRNA的降解路線
復習思考題
參考文獻

第9章 蛋白質(zhì)的合成與加工
9．1 蛋白質(zhì)的合成
9．1．1 tRNA與氨酰化
9．1．2密碼子與反密碼子的互作
9．1．3蛋白質(zhì)合成中核糖體的作用
9．2 蛋白質(zhì)翻譯調(diào)控
9．2．1翻譯的起始
9．2．2翻譯的整體調(diào)控
9．2．3翻譯的專一性調(diào)控
9．3 蛋白質(zhì)翻譯后加工
9．3．1蛋白質(zhì)的剪切加工
9．3．2蛋白質(zhì)折疊
9．3．3化學修飾
9．4 蛋白質(zhì)降解
9．4．1蛋白質(zhì)降解標記——泛素化
9．4．2蛋白酶體
9．4．3蛋白質(zhì)降解是調(diào)控細胞活性的
重要環(huán)節(jié)
復習思考題
參考文獻

第10章 基因組表觀遺傳
10．1 什么是表觀遺傳
10．1．1表觀遺傳定義
10．1．2表觀遺傳現(xiàn)象
10．1．3表觀遺傳機制
10．2 位置效應與表觀遺傳
10．2．1座位控制區(qū)
10．2．2絕緣子
10．2．3副突變
10．3 DNA甲基化與表觀遺傳
10．3．1 DNA甲基化
10．3．2甲基化與基因調(diào)控
10．3．3 DNA甲基化與轉(zhuǎn)座子沉默
10．3．4基因組印記
10．3．5甲基化組
10．4 染色質(zhì)重建與表觀遺傳
10．4．1核小體與基因表達
10．4．2先入模型
10．4．3動態(tài)模型
10．4．4非編碼RNA與染色質(zhì)結(jié)構(gòu)的
動態(tài)變化
復習思考題
參考文獻

第11章 基因組的復制
11．1 DNA復制的問題
11．1．1 DNA復制的拓撲學
11．1．2 DNA的半保守復制
11．1．3 DNA拓撲酶及其功能
11．1．4 DNA復制的特點
11．2 原核生物基因組的復制
11．2．1原核生物DNA復制起始點
11．2．2復制的起始
11．2．3復制的延伸
11．2．4復制的終止
11．2．5古細菌基因組的復制
11．3 真核生物核基因組的復制
11．3．1酵母DNA復制起始點
11．3．2高等真核生物DNA復制起始點
11．3．3真核生物DNA復制叉上的事件
11．3．4端粒復制
11．4 細胞器基因組的復制
11．4．1線粒體基因組的復制
11．4．2葉綠體基因組的復制
11．5 基因組復制的調(diào)控
11．5．1基因組復制與細胞的分裂
11．5．2細胞S期的控制
復習思考題
參考文獻

第12章 基因組進化的分子基礎(chǔ)
12．1 突變
12．1．1突變的機制
12．1．2突變的效應
12．1．3超突變和程序性突變
12．1．4 DNA修復
12．1．5DNA單鏈的非對稱性進化
12．2 重組
12．2．1同源重組
12．2．2位點專一性重組
12．2．3雙鏈斷裂重組模型
12．2．4染色體重排
12．3 轉(zhuǎn)座
12．3．1 DNA轉(zhuǎn)座
12．3．2逆轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座
復習思考題
參考文獻

第13章 基因組進化的模式
13．1 遺傳系統(tǒng)的起源
13．1．1 RNA世界
13．1．2基因組的起源
13．1．3生命三界
13．2 新基因的產(chǎn)生
13．2．1基因與基因組加倍
13．2．2外顯子洗牌與蛋白質(zhì)創(chuàng)新
13．2．3 DNA水平轉(zhuǎn)移
13．2．4重復基因的命運
13．3 非編碼序列的擴張
13．3．1真核生物基因組非編碼序列的組成
13．3．2轉(zhuǎn)座子與基因組進化
13．3．3內(nèi)含子的起源
13．4 比較基因組學
13．4．1基因組同線性
13．4．2基因島和基因協(xié)同進化
13．4．3遠緣物種中基因與調(diào)控序列的
保守性
復習思考題
參考文獻

第14章 基因組與生物進化
14．1 分子系統(tǒng)發(fā)生學
14．1．1表征學和分支系統(tǒng)學
14．1．2分子系統(tǒng)發(fā)生學
14．1．3 DNA系統(tǒng)發(fā)生樹
14．2 分子系統(tǒng)發(fā)生學與生物進化
14．2．1生命的起源
14．2．2人類的起源
14．2．3現(xiàn)代人的起源
14．3 基因組與生物多樣性
14．3．1生物多樣性的遺傳基礎(chǔ)
14．3．2生物多樣性的分子機制
14．3．3基因調(diào)控的進化與生物多樣性
復習思考題
參考文獻
名詞解釋