分子生物學軟件應用

第一部分 核酸序列分析
　1 序列檢索與格式轉換
　　1.1 序列檢索
　　1.2 序列格式簡介
　　1.3 格式轉換
　2 一級結構分析
　　2.1 組成成分分析
　　2.2 重復序列
　　2.3 序列變換
　3 克隆
　　3.1 酶切位點查找
　　3.2 模擬電泳
　　3.3 電泳圖像分析
　　3.4 質粒繪圖
　　3.5 克隆策略與過程顯示
　4 引物設計
　　4.1 引物設計的基本原則
　　4.2 引物設計與分析
　　4.3 高通量引物與探針設計
　5 測序拼裝
　　5.1 測序圖分析
　　5.2 測序拼裝
　6 DNA功能分析
　　6.1 ORF查找與翻譯
　　6.2 Motif查找
　7 RNA二級結構預測
　　7.1 RNAstructure
　　7.2 RNAdraw
　　7.3 DNAstar
第二部分 蛋白質序列分析
1 理化性質分析
1.1 蛋白酶酶切特性
　　1.2 滴定曲線與等電點
　　1.3 親水性和疏水性
　　1.4 電荷密度
　2 二級結構預測
　　2.1 DNAstar
　　2.2 Vector NTI Advance
　　2.3 ANTHEPROT
　3 其他特殊局部結構分析
　　3.1 膜蛋白的跨膜螺旋
　　3.2 信號肽
　　3.3 卷曲螺旋
　　3.4 抗原決定簇
　4 三維分子顯示
　　4.1 RasMol
　　4.2 Vector NTI Advance
　　4.3 Cn3D
第三部分 序列比對及進化樹
　1 BLAST
　　1.1 BLAST簡介
　　1.2 BLAST、實踐
　　1.3 BLAST、高級選項
　2 本地BLAKI
　3 多序列之間的兩兩比對與進化樹分析
　　3.1 C1ustalX
　　3.2 DNAstar
　　3.3 Vector NTI Advance
　　3.4 PLYLIP
第四部分 文獻管理與引用
　1 文獻管理
　　1.1 Reference Manager
　　1.2 EndINote
　　1.3 NoteExpress
　　1.4全文查找
　2 在Word中引用文獻
　　2.1 Reference Manager
　　2.2 EndNote
　　2.3 NoteExpress
附錄1 軟件簡介
附錄2 參考文獻