2004年,這是最壞的年代。陳永仁殉職后10個月,劉建明被警隊內部調查,架空職權,其妻Mary也憤然離他而去。決定重新做人的劉建明懷疑警隊明日之星楊錦榮是黑社會臥底,并開始調查他。但與此同時卻發(fā)現(xiàn)一個傷殘的神秘人在跟蹤自己,并恐怖地意識到自己正一步步被他們逼入死角……2001年,這是最好的年代。為了得到黑社會老大韓琛的信任,陳永仁不惜以身試法,一次又一次犯下違背自己良心的罪行。可韓琛暗藏禍心,陳永仁幾次死里逃生,更引來楊錦榮的咄咄相逼,四面受敵。與此同時,陳永仁也與上司黃Sir交惡,屢犯暴力罪行,被判心理輔導治療。而在與漂亮醫(yī)生Dr.Lee的交往中,陳永仁體味到了久違的人間溫情??上?,這時他已在無間道中走得太遠……